解决好造船和武器供应的问题，毛钰开始着手处理舰队和卫所的事情。毛文龙的亲兵加上孔有德、耿仲明等人带过来的人，新加入的辽东兵有1200人，毛钰让毛文龙先挑选200人，其中50人将安排在杭州毛府，50人安排在金塘岛毛府，另外100人安排在杭州城外的庄园用来加强防备同时处理收租等杂事。
当毛文龙和孔有德、耿仲明等人看到尚可喜、达代应等人率领几个方阵在校场走过的时候都被震撼了。尤其是桀骜不驯的孔有德，他之前只是羡慕毛钰的战船和站船上的火炮，没想到这些人最强悍的也不过是两年前从辽东带过来的。
看到这样的队伍，毛文龙等人总算想起了这两年来毛钰不断送来的消息，与某某海盗大战，如何如何横扫某海盗，也总算明白当日遭遇李永芳船队，一千多*毛文龙亲兵压根就没出手的机会。
而接下来的高层会议，孔有德等人再次感觉到了差距，按照毛钰的说法新加入的这一千人身体素质不错，训练半年即可成军。孔有德差点就跳起来，不过看到尚可喜那得意洋洋的样子，他知道现在不是在东江，自己既然选择跟了毛钰，那就不再是千户，就算是千户身份地位和毛钰还是有差距的。关键是除了自己几个新加入的将领，先前跟着毛钰的人都一脸的淡定。
毛钰的计划里，将以新加入的辽东兵围骨干训练一支海军陆战队，这些人虽然也登船作战，但平常只作为舰载兵和登陆作战时候的主力。不过所有的新兵都必须通过训练考核。考核次等的将会被分配到舟山卫去带卫所兵或者分到邳山岛和大陈岛加强当地的力量。最后毛钰强调了一句包括孔有德和耿仲明在内，所有人都是如此必须通过新兵训练。
最让孔有德等人郁闷的是这次新兵训练的三个队长就是尚可喜、达代应和毛顺。孔有德不知道的是接下来的训练尚可喜他们不用刻意针对也必定让这些在辽东已经有些懈怠的老家伙吃尽苦头。不过还是那句话，训练虽苦，伙食是真不错。
而训练场地周围那醒目的标语时刻提醒着大家。流血流汗不流泪、掉皮掉肉不掉队这种标语看起来还高大上。“现在训练不刻苦等着回家去吃土”就有点血淋淋，不过效果也是最好的，能来这里的大部分都是苦哈哈出身，尤其是东江这么多年的苦只有自己知道。毛钰要求虽然严格却真的是伙食好。他们甚至普通士兵比在东江的毛文龙吃的还要好。如果连续三次通不过定期考核就真的只能回家吃土了，这是谁也不愿意的。
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