嗣立正德八年（1513），拜牙即投降土鲁番，哈密又为土鲁番所有.终正德一朝，明朝虽先后派员、派兵兴复哈密，均未成功
嘉靖初年，土鲁番多次兴兵攻扰肃州等地明廷内部因大礼议之争，就收复哈密事掀起“封疆”之狱，处置了甘肃巡抚陈九畴等四十余人后，明朝最终失去对哈密的直接控制