，方以智此时也在皇家科学院任职
与此同时大明各个部门也开始改革，兵部被取缔，组建国防部和军事委员会，皇帝任军事委员会最高长官
因为大明发展已经进入一个新的时期，现在已经用不上朱由检召唤的将士，他们被系统收回
他们原来任职的位置，现在都已经有年轻的将军担任