永乐十三年，经负责财政、运输的官员们多次请求，大明朝廷停止海运、改行漕运，大运河真正成为了南北经济大动脉在此后近两百年里，虽然海运也偶然会重启，但漕运始终还是主流
这一情况直到高拱当政那段时间，由于彼时黄河不断泛滥，漕运动不动就便堵塞不可行，严重威胁了京师及九边粮食安危，这才不得已重新实施了“河海并行”的策略这个策略的特点是不废除漕运，但加强海运输送
本质上来讲，高拱当时是“漕运为主，海运为辅”，至于实际运粮比重，大抵是漕运约占五分之三，海运约占五分之二
郭朴时期萧规曹随，这个局面大致没有变化；张四维时期基本也没调整，但进一步加强了海运物资的种类，把南方不少实物贡赋也放进了海运比如江南某地御贡茶叶、丝绸这一类这样一来，海运的总运输量虽然增加不明显，但运输价值明显大有提升
到了申时行时期，他面临严重的纠结，因为心学派内部对于这件事出现了地域争议
南直隶长江以北的地区包括扬州、淮安等地，坚决要求申时行提高漕运比例；长江以南的地区包括南京、杭州乃至于淞沪老家，则强烈要求增加海运规模，尤其要求申时行确保高价值产品走海运而不能走漕运
为什么会发生这种争议？其实不难解释，利益罢了不过此处还是得先说一下大明的漕运体系到底是怎么运行的，这个争议才好说清楚
漕运体系刚开始被视为军事工程，运送粮饷的人员都是军人，由前海运总督陈煊出任漕运总兵官，他一直担任这个职务长达三十年
英宗正统四年1439年，朝廷以济宁为界，南北各设一名侍郎管理漕运；次年设置由文官担任的漕运总督统筹事宜，其军事管理职能大大降低漕运总督不设置固定的办公地点，不定期巡视临清、济宁、徐州、扬州等地的漕运行署衙门
宣德以后武官漕运权被文官取代，实行文武双轨制，但实际上作为拥有超大权力的漕运总督是地位远远高于漕运总兵的到了万历年间，由于海运兴起，占了五分之二比重，漕运总兵废除，一切事宜均由文官负责
漕运总督地位极高，原历史上大明朝有99位曾任漕运总督的官员，其中30余位后来都入阁拜相
由于大明财政体系设计得十分差劲，全国税收绝大多数来自于土地税，而同时农业税率又偏低，所以国家财政收入基本不会超过3000万实物粮税被等价计算的情况下这3000万有1200万被地方政府截留，北方上缴的800万直接供应九边军队，剩下1000万在南方征收后经过漕运输送820万到北京
漕运方式经历了多次改革，永乐十三年到宣德五年实施的是“支运法”停止海