忧国家利益的熊廷弼十分气愤，列举出了李成梁和赵辑的八大罪状，并上疏要求对其进行严惩
理想很丰满，现实很骨感，实际上完全清楚其中内幕的万历帝朱翊钧当然没有理会严惩这个说法他甚至没有将熊廷弼的奏章下发给大臣讨论，而是直接下了一道诏书，称赞李成梁“镇辽年久有功，应予以恤典”，然后就让李成梁体面地“退休”了
这是朱翊钧分不清是非曲直吗？当然不是，这只是一种权术上的折中，算是给了东林党一个说法，又不至于彻底得罪齐楚浙三党
事实上，他是故意维持朝廷内部的党争局面，使双方都无法摆脱皇权的控制，相应的也就不能形成合力对皇帝过多的干涉归根结底，这背后是君权与臣权的较量
严惩意见虽然没被采纳，但是熊廷弼倒也没有丧失积极性，他很快又对辽东进行了实际的军事考察
当时辽东的土地上，明朝、漠南蒙古和女真三大军事势力相互斗争，且停留在或战或和、关系不明朗的阶段然而，尽管局势暧昧不明，熊廷弼却清醒地认识到，努尔哈赤领导下的建州女真给明朝带来的威胁要远远大于蒙古
他指出，蒙古虽强盛，却“不过抢掠财物，无远志”，而建州女真饮食性情与明朝相近，“志在我土地”——后来的事实显然证实了这一点
为了更好地防御努尔哈赤领导的建州女真，熊廷弼提出了整顿军纪，实内固外，以夷制夷的主张而在任期的三年里，他也是这么执行下去的
辽东疆域先后修建起了七百多里的城墙和大批的城池墩台，高高筑起了一道防线大片荒地被开垦出来并种上了作物，辽东的粮食收成每年达到了上百万石之多，于军于民都是功德
由于熊廷弼深知此时辽东明军因为援朝抗倭等战争的损耗，实力已然大不如前，因此他主张军队以守为主，得到了整肃军纪，提高战力，保存实力的机会，整体力量得以缓慢恢复
在这样的情况下，哪怕是有着枭雄之志的努尔哈赤，也不得不重新审视自己的计划，转而蛰伏了起来
万历三十九年，熊廷弼在辽东的任期期满，奉命改差南直隶督学然而就是在这之后，熊廷弼与东林党多起纷争——这不奇怪，督学南直隶嘛，跑去人家地盘上了
就任南直督学期间，熊廷弼因“所拔皆名士，所进皆寒微，所黜皆是乡绅津要子弟而东林弟子居多”，而越发得罪了东林党，至此深陷党争，难以脱身
不久后，纪律严明又脾气暴躁的熊廷弼因为棒打生员致死，被东林党人抓住了把柄在遭到弹劾后，他立刻被撤去了官职，只能居家赋闲多年
而这个时候，已经建立后金政权的努尔哈赤就趁机在辽东发起了“萨尔浒之战”代替熊廷弼镇守辽东的杨镐率领十二万