更糟糕的是，清军主力撤离江浙、福建、江西，南直隶等地后，使得上述地区形势迅速恶化
福建郑芝龙反攻浙南，水陆并进，复夺温州，斩叛降总兵陈俸，随后进逼台州，窥视宁波
嘉兴、常州、无锡、太平（今马鞍山一带》、泰州、淮安、徐州等数十府县州城，或不堪清军压榨，或反对剃发易服，趁清军主力北调山东之际，纷纷驱逐、击杀清廷委派官员和降军，并遥尊永初朝廷，恢复大明统治
总督五省军务大学士洪承畴急报北京，请调八旗主力尽速南下，弹压各地反抗，稳定江南形势若江淮、江南持续糜烂，朝廷恐失赋税粮秣重要来源，或可动摇我大清定鼎天下和维持统治之基础