逃进四明山做和尚，但最终还是被清军抓获处死的，也有说他随方国安降了清又反的
但较大可能马士英是一直抗清没降的，至于个中原因，朱以海倒不认为他有多么的忠君爱国，更大的一个可能，还是因为马士英做弘光首辅时，搞过一个大顺案，也就是当年北京沦陷时，许多主动或被迫投降大顺军的那些东林党人等，被他列入顺逆名单，然后对他们和他们的家族、亲朋等追究牵连
当年打击范围极广，搞的那些老东林也是跳脚
而李自成进北京没多久就被清军击败南逃，那些短暂降顺的北京官员，后来又大多降了清，所以马士英不是不肯降清，而是当年那些被他整的人，好多比他先降了清，甚至在清廷占据高位混的还不差，他要是降清，那还有命？
所以最后也只好一条道走到黑了
但这也比方国安强，比钱谦益强