税赋改革等，也是处处受到阻挠，总督郑芝龙跟巡抚张肯堂搞的很不愉快，甚至郑芝龙还把张肯堂挤到台湾去了。
可面对这些，朱以海暂时也只能忍着，暂时没有能力调头去对郑氏用强，只能一遍遍的下旨安抚甚至是优赏，然后在他的小本子上记下郑氏的一条条罪状。