自进化出来的宇宙生物创作理念是beast要追求人类真实的恐惧感，因此spacebeast令人感到毛骨悚然和丑陋
黑暗扎基十八年前时来到地球使用凭依能力强行附身山冈一，并且连山冈一的思想也占据控制，更杀害了西条凪的父母（由于被黑暗扎基附身所以十八年过去了也没有老化）之后，黑暗扎基篡改了山冈一的所有相关资料，给自己取名为石堀光彦而潜入夜袭队作为卧底，等待自己复活的时机
黑暗扎基吸收了西条凪的光复活后对全世界都造成了很大的灾难，异生兽因子全部活性化，欧美等地区发生了火灾等灾难，西伯利亚地区连续发出了紧急信号
奈克斯特·奥特曼消灭了异生兽THEONE的5年后xsww点ccTHEONE的碎片散落到世界各地，化成不同的异生兽
为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗
孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克赛斯·奥特曼相救，这便是孤门与奈克赛斯的初次邂逅当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯，但西条凪副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到说明者CIC的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到迷失
随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克赛斯便变成红色青年形态，并展开亚空间“美塔领域”进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入
就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯奥特曼默默无闻的把异生兽消灭
在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯
这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤
这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击这黑暗巨人不但能力与奈克赛斯相同，更可化解“美塔领域”，变成“黑暗领域”，令奈克赛斯陷入苦战之中这巨人正是黑暗浮士德
此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”对于奈克赛斯而言可谓多了一个可靠的战友
一天孤门去到女友莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况不对追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去
原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德
两人展开最后的战斗，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡下这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷当孤门回到真实空间时，莉